Первоначально Шарлыкский хутор был основан группой казаков-единомышленников, проживающих в с. Шарлык, в 2005 году. Однако, процедуру регистрации в органах юстиции Оренбургской области Шарлыкское хуторское казачье общество прошло только в мае 2009 года.
Первым атаманом ХКО был избран войсковой старшина Василий Васильевич Неретин.Шарлыкское ХКО действует на территории муниципального образования «Шарлыкский район» Оренбургской области и в настоящее время насчитывает свыше 70 казаков.